Voor maximaal 40 procent van de geïnfecteerde vrouwen, kan onbehandelde chlamydia leiden tot bekken ontstekingsziekte (PID). PID effecten zijn buikpijn, koorts, inwendige abcessen en langdurige bekkenpijn. De effecten omvatten ook littekens op de eileiders, die onvruchtbaarheid kunnen veroorzaken en de kans verhogen op potentieel levensbedreigende buitenbaarmoederlijke of eileiders zwangerschappen.

Mannen kunnen littekens op de urethra te ontwikkelen, waardoor het plassen moeilijk kan gaan en soms onvruchtbaarheid veroorzaken. In zeldzame gevallen kan bij beide seksen het risico van een type artritis bekend als het syndroom van Reiter optreden die ontstekingen en zwelling van de gewrichten veroorzaakt.

Als een zwangere vrouw heeft chlamydia, kan haar baby te vroeg geboren worden, het hebben van ooginfecties of het ontwikkelen van een longontsteking.